Księgowość dla lekarzy: biuro rachunkowe dla lekarzy, gabinetów i stomatologów z cenami

Lekarz na kontrakcie ma w miesiącu kilka faktur, czyli mniej niż przeciętny fryzjer. Trudność nie leży w liczbie dokumentów, tylko w tym, że przychody pochodzą z kilku miejsc i każde źródło może mieć inne zasady. Rezydent pracuje na etacie, bierze dyżury na kontrakcie w drugim szpitalu, przyjmuje prywatnie w wynajętym gabinecie i raz w miesiącu wystawia opinię dla ubezpieczyciela. To cztery różne rozliczenia, a biuro, które zna tylko sklepy i usługi budowlane, zwykle myli się w tych samych miejscach.

• Łączenie etatu z działalnością i pilnowanie, żeby składka zdrowotna z działalności była liczona właściwie przy wybranej formie opodatkowania.
• Zwolnienie z VAT dla usług leczniczych obok usług z VAT: opinie i orzeczenia, medycyna estetyczna bez celu leczniczego, wykłady, sprzedaż kosmetyków w gabinecie.
• Kasa fiskalna online przy przyjmowaniu pacjentów prywatnych, z wyjątkiem płatności przez NFZ i faktur dla firm.
• Faktury dla szpitali i przychodni w KSeF, także gdy lekarz korzysta ze zwolnienia z VAT.
• Wpis praktyki do rejestru okręgowej izby lekarskiej, ubezpieczenie OC, koszty sprzętu, szkoleń i zjazdów naukowych.

Przychody z usług w zakresie opieki zdrowotnej na ryczałcie mają stawkę 14 procent. To najczęstszy wybór lekarzy na kontrakcie, którzy mają mało kosztów: podatek liczy się od przychodu, a składka zdrowotna jest stała w jednym z trzech progów przychodu. Lekarz, który sam kupuje drogi sprzęt, leasinguje aparat USG albo wynajmuje i urządza gabinet, często płaci mniej na podatku liniowym 19 procent, bo odlicza koszty. Skala podatkowa ma sens przy niskich dochodach albo gdy lekarz chce rozliczać się wspólnie z małżonkiem.

Formę opodatkowania zmienia się raz w roku, do 20 lutego albo do 20 dnia miesiąca po pierwszym przychodzie w roku. Dobre biuro liczy warianty na Twoich liczbach z ostatnich 12 miesięcy, zanim minie termin, a nie w marcu, gdy jest już za późno.

Usługi w zakresie opieki medycznej, które służą profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia, są zwolnione z VAT niezależnie od obrotu. Dlatego większość lekarzy i stomatologów wystawia faktury bez VAT. Kłopot zaczyna się, gdy obok leczenia pojawia się usługa bez celu leczniczego: opinia dla sądu albo ubezpieczyciela, zabieg estetyczny, wykład dla firmy farmaceutycznej, sprzedaż preparatów w gabinecie. Takie przychody są opodatkowane VAT, chyba że mieszczą się w limicie zwolnienia podmiotowego.

Biuro musi pilnować sumy tych przychodów w ciągu roku i w porę zarejestrować lekarza jako czynnego podatnika VAT. Spóźniona rejestracja to zaległy VAT od sprzedaży, której klient już nie dopłaci. Z tego samego powodu gabinet medycyny estetycznej prawie zawsze prowadzi rejestry VAT i płaci więcej za obsługę niż gabinet internistyczny.

KSeF i kasa fiskalna w praktyce lekarskiej

Od 2026 roku faktury dla firm, w tym dla szpitali i przychodni, wystawia się w Krajowym Systemie e-Faktur. Obowiązek dotyczy też lekarzy zwolnionych z VAT. Najprościej wystawiać je w programie do faktur z KSeF i dać biuru uprawnienie do odczytu, wtedy faktury kosztowe i sprzedażowe trafiają do księgowej bez wysyłania plików. Wizyty prywatne pacjentów płacących gotówką albo kartą ewidencjonuje się na kasie fiskalnej online. Szczegóły o uprawnieniach biura opisujemy we wpisie KSeF a biuro rachunkowe.

Cena zależy od formy opodatkowania, VAT, liczby dokumentów i pracowników. Za medycynę biura doliczają zwykle 10 do 20 procent do ceny księgowości. Poniżej pięć typowych przypadków policzonych według tych samych stawek, których używa kalkulator na górze strony.

W trzecim przykładzie składa się to tak: księgowość na KPiR 230 do 400 PLN, kadry i płace dwóch osób 100 do 180 PLN, dopłata za branżę 20 do 80 PLN. Pełne zasady wyceny dla wszystkich form prawnych opisujemy na stronie cennik biur rachunkowych, a lekarzy na jednoosobowej działalności odsyłamy też do strony księgowość dla JDG.

Osobno biura liczą zwykle zeznanie roczne z etatu i działalności, korekty za poprzednie lata i przygotowanie dokumentów do kredytu na gabinet. Zapytaj o te pozycje przed podpisaniem umowy.

Gabinet stomatologiczny ma więcej dokumentów niż lekarz na kontrakcie: faktury od pracowni protetycznej, materiały, leasing unitu i RTG, wynagrodzenia asystentek i higienistek, często kilku stomatologów na umowach B2B. Leczenie jest zwolnione z VAT, ale wybielanie czy licówki wykonywane wyłącznie w celach estetycznych już nie, co wymaga osobnej ewidencji. Większość gabinetów rozlicza się na podatku liniowym albo w spółce z o.o., bo koszty sprzętu są wysokie. Przy jednym gabinecie z dwiema asystentkami licz się z kwotą 350 do 660 PLN netto miesięcznie, przy centrum stomatologicznym jako spółce od około 1 900 PLN.

Zanim wyślesz dokumenty, zadaj biuru pytania, które szybko pokazują, czy zna medycynę:

• Ilu lekarzy i gabinetów obsługujecie i czy są wśród nich lekarze łączący etat z kontraktem?
• Kto pilnuje limitu przychodów opodatkowanych VAT, gdy mam opinie, wykłady albo zabiegi estetyczne?
• Czy co roku przeliczacie opłacalność ryczałtu, liniowego i skali przed terminem zmiany formy?
• Jak rozliczacie składkę zdrowotną, gdy mam etat i działalność jednocześnie?
• Czy macie dostęp do KSeF i jak odbieracie faktury od szpitala?
• Czy zeznanie roczne z etatu i działalności jest w cenie abonamentu?

Jeśli obecne biuro nie radzi sobie z tymi pytaniami, przeczytaj, jak zmienić biuro rachunkowe w trakcie roku bez przerwy w rozliczeniach. Przychodnie i centra medyczne działające jako spółka znajdą więcej na stronie księgowość spółki z o.o..